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Simplifying Proteomics

PTMScan® Technology – Immunaffinitäts-Anreicherung für Massenspektrometrie-basierte Proteomik

Techniken der Massenspektrometrie können für die Profil-erstellung von posttranslational modifizierten (PTM) Peptiden in einer verdauten Probe verwendet werden. PTM-Peptide liegen jedoch oft nur in sehr geringer Menge vor, was ein Problem darstellt, wenn sie mithilfe von Massenspektrometrietechniken untersucht werden sollen.

Um dieses Problem anzugehen, hat Cell Signaling Technology (CST™) die PTMScan®-Technologie entwickelt, eine geschützte Proteomik-Methode, die die Antikörperanreicherung von PTM-haltigen Peptiden mit Flüssigchromatografie-Massenspektrometrie (LC-MS/MS) kombiniert. Die PTMScan-Technologie ermöglicht die Identifizierung und Quantifizierung hunderter oder tausender selbst extrem gering vorliegender Peptide und bietet einen konzentrierteren Ansatz der Peptidanreicherung als andere Strategien (z. B. IMAC).

Die PTMScan-Technologie kann verwendet werden, um:

  • Neue Proteinstellen zu bestimmen, die phosphoryliert, ubiquitiniert, acetyliert, methyliert oder von Proteasen gespalten werden.
  • Medikamentenziele zu identifizieren und zu validieren.
  • Biomarker zu entdecken.
  • Die Wirkungsmechanismen von Medikamenten/
    chemischen Modulatoren zu erforschen.
  • Off-Target-Effekte von Arzneimitteln zu klären.
Vereinfachung des Proteomik-Trichters
Antikörper für PTMScan

Die Antikörper, die verwendet werden, um PTM-haltige Peptide anzureichern, sind der Schlüssel zum Erfolg der PTMScan®-Technologie. Diese sind:

  • Intern konzipiert und hergestellt
  • Streng auf Spezifität, Sensitivität und Beständigkeit getestet
  • Speziell für optimale Immunaffinitäts-Anreicherung formuliert

Die nachfolgende Tabelle beschreibt die drei Antikörpertypen, die bei der PTMScan-Technologie eingesetzt werden.

Antikörpertyp Erkennt Beispiel  
Positions-spezifischer Standard PTM-Antikörper Modifizierte Aminosäure im Kontext einer spezifischen umgebenden Aminosäuresequenz. Ein CST™-Antikörper für Akt1, phosphoryliert an Serin 473, erkennt nur dieses spezielle Phosphoserin und die umgebenden Aminosäuren. Sequenz für stellenspezifischen Standard PTM-Antikörper
Motiv-Antikörper Modifizierte Aminosäure innerhalb eines bestimmten Motivs. Der Akt Substrat-Motivantikörper erkennt die Sequenz RXRXXS* in Proteinen nur dann, wenn der Serinrest phosphoryliert ist (dabei kann X jede Aminosäure sein). Sequenz für Motiv-Antikörper
PTM-spezifischer Antikörper (PTM-Antikörper) Jedes Peptid mit der PTM von Interesse Ein Acetyllysin-Antikörper von CST erkennt alle Acetylierungsstellen, und zwar unabhängig von flankierenden Aminosäuresequenzen. Sequenz für PTM-spezifischen Antikörper (PTM-Antikörper)

Welche Option ist für Ihre Forschung richtig?

  PTMScan® Discovery
(PTM/motivbasierte Anreicherung)
PTMScan® Direct
(Massenspektrometrie-basierter Antikörper-Array)
  PTMScan Discovery PTMScan Direct
Wird ein spezifischer Signalweg anvisiert?
Erfolgt eine Antikörperanreicherung?
Erfolgt eine LC-MS/MS?
Welcher Antikörpertyp wird verwendet? PTM oder Motiv-Antikörper für undefinierte Ziele. Positions-spezifischer Standard-Antikörper für definierte Ziele innerhalb der/des bekannten Signalwege/wegs von Interesse.
Wie sieht das Bead-Format aus? Antikörper gegen eine PTM oder ein Motiv in jedem Bead. Antikörper gegen viele Ziele in jedem Bead (ein Bead-basierter Multiplex-Assay).
Welche Spezies können Sie verwenden? Kann mit Proben vieler verschiedener Spezies verwendet werden, unter anderem von Mensch, Maus, Ratte, Drosophila und Arabidopsis. Validiert für Mensch und Maus. (Kontaktieren Sie uns für andere Spezies.)
Fallstudie „Deep, quantitative coverage of the acetylome using novel anti-acetyl-lysine antibodies and an optimized proteomic workflow.“
Svinkina, T., et al (2015) Mol. Cell. Proteomik 14(9):2429–40.
„PTMScan Direct: identification and quantification of peptides from critical signaling proteins by immunoaffinity enrichment coupled with LC-MS/MS.“
Stokes, M., et al (2012) Mol Cell Proteomics. 11(5):187–201.
Zusammenfassung Verwenden Sie PTMScan Discovery, um neue Informationen durch quantitative Analyse der PTMs zu erhalten. Verwenden Sie PTMScan Direct, um die Aktivität von Komponenten bekannter Signalwege über Zelllinien oder Behandlungen hinweg quantitativ zu untersuchen.
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